A devastação das matas ciliares tem contribuído para o assoreamento, o aumento da turbidez das águas, o desequilíbrio do regime das cheias, a erosão das margens de grande número de cursos d'água e o comprometimento da fauna silvestre. A cobertura vegetal é um fator importante em qualquer microbacia, pois o uso adequado das Áreas de Preservação Permanente (APPs) pode promover além da preservação de recursos naturais, a melhoria da qualidade de vida da  sociedade. Este trabalho objetivou avaliar os conflitos de uso do solo em APPs da microbacia do Ribeirão Duas Águas - Botucatu (SP) através do uso de Sistema de Informações Geográficas Idrisi Selva  e de imagem de satélite digital, bandas 3, 4 e 5 do Sensor TM, do Landsat 5, da órbita 220, ponto 76, quadrante A, passagem de 3/09/2011.  A área situa-se entre as coordenadas geográficas 22^o44'16” a 22^o44'30” de latitude S e de 48^o17'31” a 48^o21'45” de longitude WGr., apresentando uma área de 3787,05ha.  As áreas  conflitantes foram obtidas através do cruzamento entre o mapa de uso e cobertura do solo e de APP’s para identificação das áreas de conflito de uso em APP’s. Os resultados permitiram constatar que as técnicas de geoprocessamento foi fundamental na identificação das áreas de uso do solo, de APPs e de conflitos entre uso e APPs, pois do ponto de vista de sustentabilidade ambiental, pode-se inferir que a microbacia é favorável, uma vez que está sendo utilizada inadequadamente com pastagem  com 72,6% e solo exposto com 27,4%.