A qualidade de sementes, fator importante para o sucesso da lavoura, é constituída pelos parâmetros genético, físico, sanitário e fisiológico. A qualidade sanitária é definida pela presença de patógenos e, a fisiológica pela germinação, vigor e longevidade. Esses atributos são determinados pela interação entre o genótipo e ambiente, sendo o estudo de regiões como Londrina, suscetível a estresse ambientais, importante para seleção de materiais superiores. Desta forma, o objetivo desta pesquisa foi caracterizar cinco genótipos de soja produzidos na cidade de Londrina- PR e investigar os efeitos na incidência do patógeno no potencial fisiológica de semente. Cinco cultivares selecionados para o estudo foram colhidas no estádio R9 e avaliados em relação a potencial germinativo (germinação final e protrusão), vigor (primeira contagem) e patologia de sementes. Os genótipos com alta incidência de patógenos, apresentaram maiores porcentagem de plântulas anormais e mortas e vigor inferior. Os genótipos BMX POTÊNCIA e BMX PONTA (7166RSF) apresentaram qualidade fisiológica superior em relação a germinação e vigor. Além disso, foi evidenciada a correlação negativa entre incidência de patógenos e qualidade fisiológica de sementes.